通气系统由无菌空气制备系统、空气分布装置和出口气体除菌系统组成。无菌空气制备系统是一套相对独立的复杂系统，全自动发酵罐，这里不做介绍。
细胞生长和代谢所需的无菌空气通过空气分布管引入罐中。空气分布管一般位于最下层的搅拌桨的正下方。为保证气泡的分散，多采用带小孔的环状空气分布管，发酵罐 厂家，环的直径一般等于搅拌桨的直径。在大型通气搅拌罐中，搅拌桨尖附近的剪切力非常大，一般足以达到充分打碎气泡的目的，怒江发酵罐，为防止培养液中的固体物料或菌丝堵塞空气分布管，对某些特殊的发酵体系有时采用向下开口的单孔管。
传统的空气净化系统使用活性炭、棉花、超细玻璃纤维纸作为过滤芯，其过滤效果差，且操作复杂。目前，国内的膜过滤技术已比较成熟，如用偏二氟乙烯（PVDF）制成的折叠微孔滤膜滤芯不仅过滤精度高，且流量大。使用时技术人员只要注意对过滤器前压缩空气进行除湿脱油，并按规范对过滤器进行灭菌，保温冷却发酵罐，即可保证空气无菌。另外，由于PVDF膜对压缩空气中的水分不敏感，膜本身的疏水性强，因此可解决以往当空气湿度过大时棉花过滤器等不能使用的问题。新疆某发酵车间对10吨发酵罐采用PVDF过滤器的净化效果进行了考察。技术人员在过滤器后挂了一个测样瓶，测样瓶用灭菌后不接种的LB通用细菌培养基，连续通入过滤后的压缩空气以监测过滤器效果（只要LB通用细菌培养基保持清澈，就说明过滤器运行正常）。结果表明，该车间10吨发酵罐的过滤器在连续使用3个月后，测样瓶镜检表明LB细菌培养基无菌，因此微孔滤膜（PVDF）的净化效果是可靠的。
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